（二）费用的核算
首先，费用核算应细化。一般地，大的来料加工企业可将费用分为“制造费用”和“管理费用”，用于生产方面的费用计入“制造费用”，用于办公管理方面的费用计入“管理费用”，而对于小的来料加工企业来讲，也可将所有费用都计入“管理费用”。对于出口方面的费用，如监管费、商检费、卫检费、打单费、场检费、招待费、补助费等，大部分企业都把它们放入“报关费”。其实，这样做不利于企业进行财务分析，最好的办法是分项单列。比如说，有的来料加工企业每月报关费有几十万元，但具体是什么开支却不清楚，而分开列记就不存在上述问题。同时，卫检费、场检费等是按车次收取的，监管费、商检费是按材料价值来计算的，如果实际支出金额偏差较大，就可检查是否有不正常开支，从而促进企业做好财务分析。
其次，购进原材料和辅料的进项税额不能抵扣，而应单独核算并计入成本费用。来料加工企业主要原材料和大部分辅料是通过海关进口的，也有小部分辅料是从国内采购的。在国内采购的材料，即使取得增值税专用发票，其进项税额也不能抵扣，而只能计入成本费用。这是因为，按照现行税收政策，来料加工复出口的货物，一律实行“出口免税”管理办法，即进项税额（包括进口料件和国产料件的进项税额）不予抵扣，最后生产加工环节不征税，出口也不退税。这与进料加工贸易不同，进料加工企业使用的国产料件可办理出口退税（必须取得增值税专用发票）。因此，对从事来料加工复出口业务的出口企业，为生产或加工复出口的免税货物而购进的已税原材料、辅料等，其进项税额不能抵扣和办理退税，而应单独核算并转入来料加工经营成本中。若不能单独核算应税和非应税项目的进项税额的，按销售比例分摊其耗用原材料的进项税额。
二、来料加工企业的税收优惠
根据《出口货物退（免）税管理办法》的规定，出口企业以“来料加工”贸易方式免税进口原材料、零部件后，凭海关核签的来料加工进口货物报关单和来料加工登记手册向主管其出口退税的税务机关办理“来料加工免税证明”，持此证明向主管其征税的税务机关申报办理免征其加工或委托加工货物及其工缴费的增值税、消费税。货物出口后，出口企业应凭来料加工出口报关单和海关已核销的来料加工登记手册、收汇凭证向主管出口退税的税务机关办理核销手续，对逾期未核销的，主管出口退税的税务机关将会同海关和主管征税的税务机关及时予以补税和处罚。
从以上规定我们知道，承接来料加工业务的出口企业在料件进口后，可凭海关核签的来料加工进口报关单和来料加工登记手册向主管其出口退税的税务机关办理“来料加工免税证明”，而无须等来料加工手册核销后再办理“来料加工免税证明”。
来料加工企业办理免税证明须报送的资料有：加工贸易业务合同批准证、对外加工装配合同、进口料件申请备案清单、出口成品申请备案清单、出口制成品及对应进口料消耗备案清单、合同基本情况（含封面）、税务登记副本复印件、申请免税报告、上一批货物的合同销案申请表。
